remplir une colonne vide par la colonne n-1 avec awk

Marsh Posté le 05-11-2014 à 16:45:32

Bonjour, j'ai un fichier taxinomique qui, en théorie, compte 7 colonnes :
ex :
A1;Bacteria;Firmicutes;Bacilli;Lactobacillales;Streptococcaceae;Streptococcus;

La dernière colonne n'est pas toujours remplie : quand c'est le cas, je souhaite donc la remplir avec "valeur_6eme_colonne_unknown"

J'ai écris ça :

awk 'BEGIN {FS=";"} $7 !~ /^$/ {print $1;$2;$3;$4;$5;$6;$6_unknown} END {} ' silva.nr_v119.tax > silva.nr_v119_c2c3.tax

En sortie j'ai mon fichier contenant exactement les mêmes données qu'avant..

I need some help please !
Thanks in advance,

vschill

Marsh Posté le 05-11-2014 à 16:45:32

Marsh Posté le 05-11-2014 à 18:12:02

Normalement, vu le code, le fichier de sortie doit "filtrer" les lignes avec la colonne 7 vide et en plus "virer" la colonne 7 (je ne sais pas ce que donne $6_unknown comme variable).

Perso, j'aurais plutôt fait qqchose du style :

Code :

{
if(($7~/^[[:space:]]*$/)) {
print $1 ";" $2 ";" $3 ";" $4 ";" $5 ";" $6 ";" $6 "_unkown"
}
else {
print $0
}
}

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