Je vais récupérer un logiciel qui tourne à la base sur Tru64 UNIX.
Connaissez vous cette plateforme ? A priori c'est développer par HP à usage professionnel et surtout compatible ascendant/descendant avec Linux    
 
http://h30097.www3.hp.com/affinity/
 
Sachant que j'ai un processeur Athlon64, veut-il mieux prendre cette version ou une version Linux standard ?

Tru64 ne tourne pas sur des processeurs x86 ou x86-64, mais seulement sur des processeurs Alpha .  
De la meme facon il est probable que le logiciel que tu va récuperer soit compilé pour Alpha, donc tu ne pourra pas le faire tourner .
 
Donc je pense pas que tu aie le choix: Linux

Merci de cette réponse claire