hi hi hi  Ça me rappelle mes débuts en informatique.  Et bien non, l'autre disque ne sera pas parfaitement identique.  Les mêmes fichiers seront là mais les fichiers sensibles à l'OS ne seront pas aux bons endroits du disque dur et il sera impossible de booter dessus.  À l'époque de DOS, c'était les fichiers IO.SYS et MSDOS.SYS qui devaient être placés à des adresses très spécifiques.
 
Pour avoir une copie conforme d'une partition, il faut créer une image de la partition (j'imagine que tu n'as qu'une seule partition sur ton HD) avec un utilitaire comme Ghost et ensuite la "décompresser" sur ton autre disque.  Donc si tu n'as pas de place pour stocker l'image sur ton premier HD, tu auras besoin d'un 3e HD pour servir de tampon.

sinon tenter un fixboot et fixmbr apres la duplication... l'ideal etant effectivement un ghost.

mmm...  Pas vraiment le choix, il faut disposer de l'utilitaire.  Évidemment c'est énervant car du coup l'image que tu vas faire de ton Windows sera avec l'utilitaire en question.  L'alternative serait de booter avec un genre de LiveCD Linux qui inclurait par défaut un tel utilitaire mais je suis loin d'être assez pro-Linux pour t'en dire davantage.  Pose la question sur le forum de Linux.  

Au fait, parlant de l'utilitaire, si tu veux un très léger et super efficace, je te conseille de pencher pour celui-ci : http://www.drivesnapshot.de
 
Ca fait des années que je l'utilise, il est super efficace, super léger et très rapide au niveau traitement.  Même pas besoin de l'installer (il n'a pas besoin d'envoyer plein de DLL dans le répetoire de Windows).  Et si tu changes de disque dur, il est capable de repérer que ce n'est pas le même disque (nombre de cylindres, etc.) et adapter l'image au moment de la décompression pour l'adapter aux spécif du nouveau disque.  Une merveille.  

pour ça ( copie bootable ) je me sers de l'outil " copie de partition" de partition magic
à condition d'avoir un cd de PM bootable bien sur ...