je suis débutante dans la sécurité.
Je doit faire un antivirus mais je ne sais pas comment créer un moteur de recherche des virus, c'est a dire comment rechercher des signatures de virus dans les    fichiers et disque dure et comment le comparer  par la bd

Tu dois faire un antivirus en php    
 
C'est franchement pas le langage approprié pour ça. C'est pour un TP pour implémenter le principe ou pour un projet qui sera mis en production?
 
Pour le principe :
1) avoir une bd avec des empruntes de virus (dépend de la méthode de détection et de la rapidité de détection + invariances par rapport aux algos de compression)
2) rechercher l'ensemble des empruntes de virus dans chaque fichier.
 
Autre solution : sur le serveur, avoir un antivirus que tu appelles via php avec shell_exec() par ex...