Salut,
 voila j'ai deux petits problemes.
 
1)  Dans un fichier, je fais appel à la fonction  
Fenetrechoix fonc = new Fenetrechoix();
fonc.show();
 
cette fonction me crée une fenetre dans laquelle je
dois cocher une case.
 
mon probleme est que ma fenetre s'ouvre mais le
fichier principal continue a s'executer. Que dois je
faire pour que l'execution attende la reponse que je
coche.
2) deuxieme pb:
 
dans mon fichier principal, le fais appel à la
fonction :
LancePgmCaml monLanceur = new LancePgmCaml();
dont le code est le suivant:
 
--------------------------------------
import java.lang.*;
import java.io.*;
 
public class LancePgmCaml {
 
  public LancePgmCaml(){ //constructeur
 
    Runtime monRuntime=Runtime.getRuntime();
 
    try{
 
       Process monProcess=monRuntime.exec("./scr" );
 
       monProcess.waitFor();
 
    }//fin du try
   
    catch (Exception e) {
 
       System.out.println("Erreur d'ecriture" );
       System.exit(1);
 
    }//fin du catch
 
  }//fin du constructeur
 
}// fin du public class LancePgmCaml
-------------------------------------------
et l'executable scr contient:
-----------------------
#!/bin/sh
 
echo "timetable x?\n n\n :q;;" | ./reecriture
hopital.txt > solutionPlanning.txt
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avec reecriture qui est mon moteur.
 
à la fin de cet execution, le moteur me pose une
question a laquelle je répond en ouvrant une fenetre.
mais je ne sais pas comment je peux donner cette
réponse a mon moteur.
Si certain pense comment pouvoir faire, faite moi un
signe.
marci d'avance.

Pour ton premier probleme il faut que tu utilises une JDialog modale comme parent de ta fenetre.
Pour le deuxieme, je n'ai pas tout compris :-)

Utilises un JTextField dans ta boite de dialog et fait un getText dans l'actionListener lors de la fermeture de la fenêtre par le bouton "Ok".
Regarde les classes JDialog.