Bonjour à tous,
 
Dans le cadre de mes études de pharma(!) je me retrouve à devoir écrire un programme en C. Or je n'ai fait en tout et pour tout que 1 mois d'info pour "apprendre" les langages C, PHP, HTML, SQL, Javascript.
Autant dire qu'on a tout survolé et rien appris.
Je dois écrire un programme "d'étude de cas" pour lire une séquence d'ADN d'un brin sens et d'un brin antisens. Evidemment c'est complétement impossible pour moi... Je me demandais s'il existait une bonne âme pour m'aider, ou, à défaut, quelqu'un pour m'aiguiller vers un site ou il y aurait plein de petits programmes en C pour que je me fasse un peu à ce truc...
 
Merci....

Y'a les bibliolinks épinglés en tête de gondole.

t'as ça pour les débutants, difficiles de t'aiguiller sans connaitre ton niveau en C

http://www.siteduzero.com/tuto-3-8 [...] smid=-2961

j'ai vraiment l'impression que l'éducation nationale se fout de la gueule du monde

mais carrément!
bientôt on aura 4 qualifications en même temps peut-être? bonjour je suis programmo-pharmaco-politico-boulanger.

On veut bien t'aider à faire ton programme... mais il faudrait qu'on sache ce qu'il faut faire (données d'entrée, données de sortie, transformation de l'une en l'autre). Pour moi, rien que les mots "sens" et "antisens" c'est incompréhensible alors pour les traduire en concepts informatiques...

merci merci pour toute vos réponses!!!
 
alors, je vais zieuter le site que tu m'as donné exhortae...
 
sinon oui que dire, le ponpon est que ma fac s'est gourée en faisant mon emploi du temps et celui d'une amie, et on avait cours d'info ET partiels de pharma en même temps... ne disposant pas du don d'ubiquité, ben on a loupé quelques cours...
 
Svear : pour l'instant je n'ai pas le sujet écrit, mais dès que c'est plus clair je le poste!

Ok - On reste en attente...

d'un autre côté, on peut acheter de la levure en pharmacie, c'est donc normal

Le retour du Jedi !
 
J'ai enfin mon énoncé pour mon exo (on approche la fin de l'année il était temps!)
 
Alors j'ai d'un côté une séquence d'ADN avec des nucléotides en minuscules, de l'autre côté la séquence protéique qui en découle.  
 
Ensuite j'ai deux petits programmes, il semblerait que le premier (j'ai bien écrit semblerait parce que ca me parait bizarre) change la séquence de nucléotides en minuscles en séquence de nucléotides en majuscules et y ajoute un 0 à la fin.
/*Ca ressemble à rien mon hisoire... */
 
Le deuxième convertit les codons (donc les groupes de 3 nucléotides) en acides aminés. (ptit rappel : plusieurs acides aminés = 1 protéine)
 
Moi dans tout ca je dois écrire un programme en C qui :
1/ permette de charger la séquence d'ADN (nucléotides en minuscule)
2/ Repère les codons de démarrage (c'est une suite de 3 nucléotides qui signe le départ d'une séquence à lire), dans notre séquence apparemment il y a 3 cadres de lecture différents
3/ Traduise la séquence jusqu'à un codon stop (même concept que les codons de démarrage) ou jusqu'à la fin de la séquence
4/ Affiche les séquences de protéines (et si j'ai bien compris je devrai pouvoir retrouver la séquence que l'on me donne dès le début)
 
 
c'est pas gagné tout ca...

Pas de problème : dis-nous les points en C que tu ne comprends pas, et/ou poste le code que tu as écrit si tu bloques quelque part, nous t'aiderons.

merci vous êtes vraiment très cool !
 
en fait le fond du problème c'est que je ne suis pas certaine d'avoir compris l'énoncé. je vais en parler avec ma binome (qui est dyslexique et qui ignorait il y a deux mois ce que signifiait "justifié" dans un traitement de texte, bonjour l'équipée sauvage !)
 
je pense que pour le code on devrait y arriver, c'est plutôt l'algo de base qui me soucie...
 
en fait je pensais :
- charger la séquence d'adn
- la transformer en séquence d'acides aminés
- ensuite repérer les acides aminés "start" et "stop" dans le tas ?
 
ca tient debout?

Le point délicat c'est la traduction en séquence d'acides aminés. A ta place je ferais un tableau de 64 entrées, qui sera en fait une table de hash parfaite, avec une clée de 6 bits (3x2) qui représente tes 3 nucléotides, chacun codé sur 2 bits. Tu fais une routine qui te traduit tes 3 nucléotides (chaine de 3 caractère ascii) en clée (i.e traduit chaque nucléotide en son code sur 2 bits), et voilà, tu as directement ton acide aminé.
 
Les AA start et stop seront juste deux entrées spéciales dans la table.

Ton algorithme est trop général, il faut rentrer un peu plus dans le détail :

- Charger la séquence ADN : à partir de quoi ?
Un fichier ? Faut-il l'entrer à la main lorsque le programme le demande (ouch )

-  Transformer en séquence d'acides aminées : à partir de quel type de variable, et comment stockes-tu le résultat ?
Réfléchir à ce point précis de ton algorithme est important, car il décidera de la suite à adopter (et la facilité de la coder).

- Repérer les acides aminés "start" et "stop" : à la volée lors de la lecture, ou bien en plusieurs passes ?

edit :   (mais bon au moins on est d'accord )

s

alors euh...
 
1/ il faut charger le fichier (parce que les séquences c'est méga trop long, et je crois que le programme n'aurait plus d'intérêt
2/ la traduction en acides aminés est donnée par un des deux petits programmes qui vont avec l'énoncé
3/ repérer les start et stop en fait c'est LE point à al con du programme, en fait si on a :
 
start(1)XXXXXXXXXXXXstart(2)XXXXXXXXstop
 
on peut lire deux séquences :
 
- de start(1) à stop
- de start(2) à stop
 
(les deux sont valides of course)
 
en revanche " à partir de quel type de variable, et comment stockes-tu le résultat ? "
pas compris

Je te rappelle que tu parles à qq qui à 15j de C, là, et qui ne sait probablement pas ce qu'est une table de hachage.

Non, ça ne tient pas debout. Il faut faire comme dit dans l'énoncé, à savoir commencer par repérer le start. Et ensuite seulement, tu peux commencer à décoder à partir de cet endroit. Parce que sinon, on peut commencer n'importe où dans la chaîne d'acides aminés, et le décodage des codons est complètement faux.
(En informatique, il ya une opération très ressemblante à ce décodage, qui est le désassemblage: à partir des octets d'information, on reconstruit les instructions machines. Si tu commences n'importe où , tu décodes n'importe quoi.)

2 fonctions C qui te seront très utiles: strchr pour repérer le start, et strncmp pour le décodage qui se trouvent dans la lib <string.h>. La méthode de matafan est sans doute plus rapide dans un vrai programme de séquençage, mais ça n'est pas ce qu'on vous demande, donc oublie.
Nazztazz a donné l'idée, même si son code C est incorrect.

Whaou merci merci!!!
 
el muchacho => en fait le codon start est unique et renvois toujours au même acide aminé : méthionine, c'est pour ca que je pensais à ca. j'ai pas trop compris pourquoi c'était pas bon, mais je vous suis!
je ne connaissais pas ces deux fonctions, je vais regarder ca cet aprem (je ne connaissais même pas la fonction char................)
 
EDIT : et table de hachage ca ne m'évoque rien sinon un truc de charcutier

Oublie la méthode de matafan. Tu n'y arriveras pas. Fais comme je t'ai dit.
 
Ce qui est inquiétant, c'est que tu ne connaisses pas le mot-clé char. C'est normalement l'un des premiers qu'on apprend en C, vu qu'un char est un caractère, et que sans ça, tu ne fais pas grand-chose. T'aurais pas raté qq cours  ?

en fait, avec la subtile organisation de la fac, j'avais ces cours en même temps que mes partiels, donc pendant que j'étais en partiel je n'étais pas en cours... donc oui j'en ai loupé quelqu'uns, ceci dit 3 semaines de cours à raison de 4 heures de cours par jour pendant 5 jours, ca nous fait de l'ordre de 60 heures de cours pour "apprendre" le C, le HTML, le PHP, le SQL et le Javascript. je crois que le terme "survoler" ne serait pas superflu...
la fonction "char" en regardant sur internet j'ai vu ce que c'était mais j'ai jamais eu ca en cours... on a vu les 3 boucles pour répéter une série de commandes, on a très vaguement vu (3 heures) les tableaux et les pointeurs, et en gros voilà. je t'avoue que ca me déspère un peu. J'ai l'impression qu'on me demande de construire une voiture après avoir fait 3 heures de cours de conduite...

C'est à peu près ça, en effet.
Et dans ta fac, les chirurgiens, ils apprennent leur métier sur le jeu Dr Maboul, aussi ?

 
jette un coup d'oeil sur ce site : http://mapage.noos.fr/emdel
En particulier les sections "Initiation" et "Notes".

merci Elmoricq! je suis sur le site!
 
muchaco => mdr, en même temps la pharma et la programmtion...